دانشجویانی که از دیگر ولایات در دانشگاه بلخ مشغول تحصیل اند، با مشکلات زیادی چون نبود مکان بود و باش، مواد غذایی و آب آشامیدنی نامناسب و بعضی برخوردهای تعصب‌آمیز روبه‌رو هستند، اما معاون مالی دانشگاه بلخ با پذیرفتن مشکلات لیلیه این دانشگاه و تلاش آن‌ها برای فراهم کردن لیلیه معیاری، وجود تبعیض و تعصب در لیلیه‌های این دانشگاه را رد می‌کند.

دانشجویان دانشگاه بلخ، نبود امکانات و تجهیزات درسی، صنوف غیر معیاری، کمبود اساتید مسلکی و نبود کتابخانه‌ی مناسب را از جمله مشکلات اساسی دانشگاه بلخ یاد می‌کنند و خواستار رسیدگی جدی به این مشکلات می‌باشند.